দণ্ডিত ব্যক্তি বা তাঁর পরিবার ক্ষমার জন্য লিখিত আবেদন জমা দেয়। এতে সাধারণত ব্যক্তিগত পরিস্থিতি, স্বাস্থ্য, কারাগারে আচরণ বা অন্যান্য কারণ ব্যাখ্যা করা হয়, কেন দণ্ড কমানো, স্থগিত বা রদ করা উচিত, এবং তা কারা ও সরকারি কর্তৃপক্ষের মাধ্যমে পাঠানো হয়।

কর্মকর্তারা প্রতিবেদন সংগ্রহ করেন এবং নথিটি প্রধানমন্ত্রীর কাছে পৌঁছায়। ৪৮(৩) অনুচ্ছেদ অনুযায়ী রাষ্ট্রপতি প্রধানমন্ত্রীর পরামর্শ অনুযায়ী কাজ করেন, তাই বাস্তবে সরকারের সুপারিশই ফলাফল নির্ধারণ করে। পরামর্শটি নিজে আদালতে পরীক্ষা করা যায় না।

রাষ্ট্রপতি মার্জনা, বিলম্বন বা বিরাম মঞ্জুর করতে পারেন, অথবা দণ্ড মওকুফ, স্থগিত বা হ্রাস করতে পারেন। মৃত্যুদণ্ড কারাদণ্ডে রূপান্তরিত হতে পারে, বা কারাদণ্ডের মেয়াদ কমানো হতে পারে। ক্ষমা প্রত্যাখ্যাত হলে আদালতের আদেশ অনুযায়ী দণ্ড কার্যকর হয়।